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No obstante, tras otra errática campaña en la que el conjunto blanquiverde recibió su primer aviso, el equipo terminó siendo entrenado por Fernando Zambrano primero y por Castro Santos después, consiguiendo evitar el descenso en la última jornada ante el Getafe en el Coliseum Alfonso Pérez tras un empate a 1. Aún más apurada fue la salvación en la 2003-04, cuando un gol de Nico Olivera en Leganés libró al Córdoba de descender. Córdoba logró empatar prácticamente en el último minuto con un gol de Uli Dávila, después de que el partido hubiera estado detenido debido a una invasión de campo de los aficionados canarios antes de finalizar el encuentro. Sin embargo, en un Nuevo Arcángel abarrotado y en un partido intensísimo, camiseta del aston villa consiguió mantener un 0-0 que le sería útil en la vuelta. Las Tierras de Coria quedaron asignadas al Partido que abarcaba la frontera de la actual provincia de Cáceres, subdivididas a su vez en jurisdicciones debido a su gran extensión, dependiendo Coria de la que abarcaba la orilla derecha del Tajo hasta las estribaciones de la Sierra de Gata, salvo varias aldeas del entorno de Gata pertenecientes al de Ciudad Rodrigo, con cuartel general en Alcántara. Con este, se produjo un cambio total en la dinámica del equipo, logrando acabar 7.º en la clasificación, la cual le permitió disputar el play-off de ascenso a Primera gracias a la clasificación como 3.º del Barcelona «B».
Se consiguió un 5.º puesto bastante sufrido, debido en gran parte a la irregularidad del equipo, que durante gran parte de la primera vuelta del campeonato llegó a estar luchando por el liderato de la clasificación, pero que en la segunda llegó a acumular hasta 8 partidos consecutivos sin ganar en casa. Fue relevado en el cargo por Curro Torres, el cual tampoco logró cambiar la dinámica del equipo, y terminaría siendo despedido en febrero de 2019. Rafa Navarro, hasta entonces entrenador del filial, sería el encargado de finalizar la temporada. En la temporada 2015-16, comenzó con la contratación de José Luis Oltra como entrenador, y se produjeron la vuelta de jugadores relevantes como Xisco Jiménez y Carlos Caballero, la llegada de fichajes muy destacados, y la promoción del filial de otros como Florin Andone, el cual terminaría resultando muy determinante para el equipo. No obstante, después de un mercado de fichajes en el que piezas importantes del equipo salieron, comenzó la temporada 2016-17. En esta, a pesar de un comienzo muy prometedor, en el que llegó a encadenar 10 partidos con solo una derrota, el equipo empezó en una dinámica negativa, la cual provocaría la destitución de Oltra por Luis Carrión, camiseta futbol granada técnico del filial.
De este modo se consumó una temporada nefasta con un nuevo descenso debido al peculiar sistema de reorganización de las categorías no profesionales del fútbol español para esa temporada. De este modo el Córdoba C. F. se quedó a dos puntos de entrar en la zona de ascenso. Tras el anuncio de la llegada de Isco al equipo de Lopetegui, Gianluca Di Marzio afirma que el Sevilla no posee la suficiente capacidad económica para afrontar la llegada del delantero de la Lazio, que sonó con fuerza durante este mercado. Este podría viajar a Londres y pasar a vestir de blanco. Esta nueva sociedad se denominó Unión Futbolística Cordobesa S. A. D., aunque oficialmente se le sigue nombrando Córdoba C. F. para todas sus categorías y secciones, vistiendo de blanco y verde y defendiendo su escudo de siempre. Teniendo una trayectoria algo irregular en la Liga, lograría la clasificación del equipo a los octavos de final de la Copa del Rey, después de eliminar al Elche, Sabadell y Real Sociedad en las rondas anteriores. Para la campaña 2007-2008, después de haber conseguido el primer título de Liga y haber contratado a Bernd Schuster, Ramón Calderón y su junta directiva realizaron los fichajes de Cristoph Metzelder (B.Dortumund), Pepe (FC Porto), Javier Saviola (procedente del F.C.
Su lugar en el banquillo fue ocupado precisamente por su predecesor en el cargo y artífice de la salvación de la anterior campaña, José Ramón Sandoval. A lo largo de la temporada, hubo tres entrenadores por el banquillo blanquiverde: Albert Ferrer, el técnico del ascenso y cual logró 4 puntos en las primeras 8 jornadas de Liga; Miroslav Djukic, que logró tres victorias ante Athletic Club, Granada, y Rayo Vallecano, además de varios empates, pero fue destituido después de encadenar 8 partidos consecutivos perdidos; y José Antonio Romero, técnico del filial al que se le encomendó hacerse cargo del primer equipo hasta final de temporada, y el cual sólo logró dos empates fuera de casa, ante Deportivo de La Coruna y el Villarreal. Esta, comenzaría con la apuesta por Pablo Villa como técnico del primer equipo entrenador después de haber logrado al ascenso con el filial a Segunda B. Sin embargo, en el ecuador de la temporada, y ante la consecución de los malos resultados, se produjo la llegada de Albert Ferrer al banquillo por la destitución de Villa.